《海南自由貿(mào)易港建設(shè)總體方案》在“制度設(shè)計(jì)”部分提出：“在實(shí)現(xiàn)有效監(jiān)管的前提下，建設(shè)全島封關(guān)運(yùn)作的海關(guān)監(jiān)管特殊區(qū)域。”建立健全全島封關(guān)運(yùn)作的海南自由貿(mào)易港海關(guān)監(jiān)管特殊區(qū)域制度，與《中華人民共和國(guó)海關(guān)法》中的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域是不同概念。

《中華人民共和國(guó)海關(guān)法》第34條規(guī)定：“經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)在中華人民共和國(guó)境內(nèi)設(shè)立的保稅區(qū)等海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域，由海關(guān)按照國(guó)家有關(guān)規(guī)定實(shí)施監(jiān)管?！币话闼Q(chēng)的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域，是我國(guó)開(kāi)放型經(jīng)濟(jì)發(fā)展的先行區(qū)和加工貿(mào)易轉(zhuǎn)型升級(jí)的集聚區(qū)，主要有六種模式：保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)、跨境工業(yè)園區(qū)、保稅港區(qū)、綜合保稅區(qū)。上述區(qū)域內(nèi)一般沒(méi)有大規(guī)模的生活消費(fèi)、人員往來(lái)，主要是服務(wù)于生產(chǎn)作業(yè)。海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域一般采取封閉圍網(wǎng)管理，具備保稅功能，即對(duì)區(qū)內(nèi)的貨物實(shí)施保稅政策，從境外進(jìn)入?yún)^(qū)內(nèi)不征稅，出區(qū)進(jìn)入境內(nèi)，要按照進(jìn)口征稅；國(guó)內(nèi)貨物入?yún)^(qū)視同出口，實(shí)行退稅；區(qū)內(nèi)企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費(fèi)稅。區(qū)域內(nèi)更加聚焦貨物貿(mào)易領(lǐng)域，一般不允許設(shè)立商業(yè)性設(shè)施和人員居住，對(duì)進(jìn)出區(qū)域的貨物按進(jìn)出口實(shí)施雙向海關(guān)監(jiān)管。

海南自由貿(mào)易港建設(shè)全島封關(guān)運(yùn)作的海關(guān)監(jiān)管特殊區(qū)域，整個(gè)區(qū)域不實(shí)施圍網(wǎng)封閉管理，相對(duì)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域功能業(yè)態(tài)更加多元，不僅可以開(kāi)展一般意義上海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域的經(jīng)濟(jì)活動(dòng)，還存在更廣泛的商業(yè)消費(fèi)、人員進(jìn)出、社會(huì)管理等活動(dòng)。在貨物、服務(wù)、投資、金融、跨境數(shù)據(jù)、人員進(jìn)出等領(lǐng)域?qū)嵤└娱_(kāi)放的政策安排。